Po roce 1989 se přestala využívat a postupně chátrala. Kolem roku 2000 dokonce její část podlehla demolici.
Iniciátorem a podporovatelem rekonstrukce byl Nadační fond Zecher pro záchranu židovských památek zřízený Federací židovských obcí v ČR. Ta se cítí zodpovědná za stav všech památek židovské kultury v republice a má zájem na jejich obnově a vhodném využití, i když jsou v majetku rozličných organizací.
 |
Federace se proto dohodla se Sokolem Moravské Budějovice na odkupu synagogy, který se uskutečnil v roce 2003. Provedením obnovy pověřila svou servisní organizaci Matana. Byl zpracován stavebně-historický, archeologický a restaurátorský průzkum budovy, na jejich základě nejprve studie obnovy, pak stavební projekt a zajistily se všechny doklady.
Hledal se způsob financování, ale žádosti o grant přes MAS či evropské fondy nebyly úspěšné. Zůstala možnost etapových malých českých dotací. V letech 2012–20 pak proběhly postupně práce na celkové rekonstrukci, včetně restaurování vnitřní stylové výmalby.
Téměř zapomenutá užitková stavba se po důkladné rekonstrukci stala unikátní ukázkou malé venkovské synagogy postavené místními zedníky ve stylu lidového baroka.
Podařilo se obnovit vnitřní klenutou galerii pro ženy, centrální řečniště, svatostánek a z větší části dochovanou původní cihlovou podlahu pod zásypem. Úspěšná byla také obnova vnitřní výmalby z konce 18. a počátku 19. století.
Díky synagoze získala na významu i dobře zachovalá židovská ulice a nedaleký hřbitov. Synagoga je na požádání kdykoliv přístupná. K zajištění informací slouží uvnitř malá stálá expozice, leták a pro skutečné zájemce brožura Venkovské synagogy v českých zemích.
Zdařilé rekonstrukce jsou k vidění na putovní výstavě Má vlast cestami proměn.
