Roubený kostel zasvěcený sv. Michaelu archandělu vznikl v roce 1605 ve východoslovenské obci Habura u Medzilaborců. Roku 1740 byl prodán a přestěhován do vsi Malá Polana, kde v roce 1759 proběhlo zasvěcení sv. Mikuláši Divotvorci.
Kostel patřil řeckokatolické církvi a svému účelu sloužil až do roku 1915, kdy byl za první světové války silně poničen. Po válce se již nevyužíval, protože v Malé Polaně mezitím postavili kostel kamenný. V roce 1934 byl jeho stav velmi špatný a hrozil mu úplný zánik.
Hradec Králové dostal nabídku k odkoupení a zastupitelstvo návrh schválilo. Celá akce od nabídky, návštěvy delegace města na místě, odsouhlasení úřady, rozebrání, převoz a postavení v Hradci Králové až po ukončení stavby trvala tři a půl měsíce.
Slavnostně byl kostel otevřen 28. října roku 1935 jako památník padlým za první světové války.
Kostel sv. Mikuláše, jedna z nejstarších církevních dřevěných památek u nás, se v letech 2016–2019 dočkal kompletní rekonstrukce. Restaurátorskou obnovou prošel ikonostas, hlavní oltář prestolu, boční oltář, malby na stěnách kostela, ikony, svícny i kříž.
Vedle restaurování malovaných výzdob a inventáře, zásahu proti dřevokazným škůdcům speciální termosanací a výměny střechy získal kostel stabilní zařízení na úpravu vnitřního prostředí, moderní požární i bezpečnostní zabezpečovací systém a hasicí zařízení včetně hromosvodu.
V současné době je kostel sv. Mikuláše majetkem města. Nachází se v centru, v Jiráskových sadech u soutoku Labe a Orlice, a během letní sezony je přístupný veřejnosti. Je atraktivním turistickým cílem i ideálním prostředím pro pořádání komorních kulturních a společenských akcí.
Kapacita kostela je 40 míst, k dispozici je i oplocený přiléhající pozemek. Program a pronájmy zajišťují pracovníci Hradecké kulturní a vzdělávací společnosti. Kromě pravidelného režimu se tu také konají mimořádné komentované prohlídky.
Zdařilé rekonstrukce jsou k vidění na putovní výstavě Má vlast cestami proměn.