První písemný doklad o vsi Vatětice pochází z roku 1540. V 17. století zde vzniklo panské sídlo s poplužním dvorem, od roku 1702 statek vlastnila šlechtická rodina Bomalů, jež v roce 1709 iniciovala založení kaple.
Jednalo se o soukromou svatyni, která až do roku 1733 neměla mešní licenci. Poté, co v roce 1832 vatětický zámek pozbyl své rezidenční funkce, zřejmě poklesl její význam.
Na konci 19. století ji nicméně popsali autoři umělecko-historické topografie Sušicka Karel Hostaš a Ferdinand Vaněk.
Neodvratná zkáza kaple začala po roce 1945. Když byl velkostatek Palvínov-Vatětice na základě Benešových dekretů konfiskován, přešel do národní správy a 1. ledna 1949 ho převzaly do vlastnictví Československé státní statky.
Kaple Panny Marie Bolestné prokazatelně stála ještě v roce 1953, kdy ji pro potřeby muzejní dokumentace fotografoval Vladimír Holý. Podle údajů pamětníků byla stržena v první polovině 70. let.
V prosinci 2011 areál bývalého zámku a statku ve Vatěticích zakoupil Jakub Vinčálek a brzy nato zahájil aktivity na obnovu kaple, která měla respektovat její historickou podobu.
Na základě dochovaných snímků vypracoval architekt Martin Volejník projekt, který zachovává původní dispozice kaple, ale obohacuje je o nové prvky v intencích historismu. Inspirací se mu stala především kaple Panny Marie Pomocné v nedaleké Červené u Kašperských Hor.
V neděli 17. září 2017 dokončenou kapli Panny Marie Bolestné vysvětil světící biskup českobudějovický Pavel Posád. Úspěšná obnova je nejdůstojnějším připomenutím dějinných zvratů, které místo poznamenaly. V kapli se slouží příležitostné mše a konají se tu duchovní akce, například adventní setkání při svíčkách.
Zdařilé rekonstrukce jsou aktuálně k vidění na putovní výstavě Má vlast cestami proměn.
